Список пакетов в системе:

dpkg -l

• ii - установленные пакеты
• rc - удалённые, но остались конфигурационные файлы

Удалить оставшиеся конфигурационные фалы удалённых пакетов:

dpkg --list | grep "^rc" | cut -d " " -f 3 | xargs sudo dpkg --purge

http://prostoblog-unit.blogspot.com/2015/07/dpkg-rc.html - Как удалить пакеты помеченные dpkg как rc

Проверить соответствие каталогов к установленным пакетам:

dpkg -S /lib/modules/*