Создаём каталог репозитория:

mkdir -p /var/www/conf

Создаем конфигурационный файл /var/www/conf/distributions:

Origin: DKB74 Repository
Label: DKB74
Suite: stable
Codename: trusty
Architectures: amd64
Components: main
Description: Repository for DKB
SignWith: yes

и указываем опции по умолчанию в файле /var/www/conf/options:

verbose
ask-passphrase

Меняем алгоритм хэширования, от пользователя выполняем:

echo personal-digest-preferences SHA512 SHA384 SHA256 SHA224 >> ~/.gnupg/gpg.conf

gpg --gen-key

При запросе:

Not enough random bytes available.  Please do some other work to give
the OS a chance to collect more entropy! (Need 190 more bytes)

на другом терминале выполняем:

sudo find / -type f | xargs grep somerandomstring > /dev/null

Копируем публичный ключ для возможности имопорта его на клиентах:

cp ~/.gnupg/pubring.gpg /var/www/
chmod +r /var/www/pubring.gpg

Инициализируем репозиторий:

reprepro -v -b  /var/www export

sudo reprepro -b /var/www includedeb xenial ~/komodo-edit_6.1.2ubuntu0_i386.deb
sudo reprepro -b /var/www includedeb xenial ~/komodo-edit_6.1.2ubuntu0_amd64.deb

sudo reprepro remove xenial komodo-edit

Например, только с архитектурой i386:

sudo -A i386 reprepro remove xenial komodo-edit

server {
    server_name             rep.domain.com;
    root                    /var/www/;

    location / {
        autoindex       on;
    }
    location /conf {
        deny            all;
    }
    location /db {
        deny            all;
    }
}

echo deb http://rep.domain.com/ trusty main | sudo tee -a /etc/apt/sources.list.d/rep.list
wget --quiet http://rep.domain.com/pubring.gpg -O - | sudo apt-key add -

Signature by key … uses weak digest algorithm (SHA1)

Нужно поменять алгоритм хэширования и выполнить экспорт

http://mini-buildd.installiert.net/articles/apt-weak-digest-warning-under-wheezy.html

http://anosov.org.ru/2011/07/make-own-deb-repository/

https://wiki.debian.org/ru/CreateLocalRepo