Единоразово:

wget -e http_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/ http://...
wget -e https_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/ https://...
wget -e ftp_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/ ftp://...

Для текущей сессии:

export http_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/
export https_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/
export ftp_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/
export no_proxy="localhost,127.0.0.1,localaddress,.localdomain.com"

Постоянно, создать ~/.wgetrc:

http_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/
https_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/
ftp_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/
no_proxy="localhost,127.0.0.1,localaddress,.localdomain.com"